单细胞文章快讯期

本期我们通过PubMed数据库检索，{检索词：(singlecell[Title/Abstract])AND(("/1/01"[Date-Publication]:"/11/30"[Date-Publication]))}，整理出了年11月份单细胞技术文章共篇。其中IF（影响因子）大于9分的文章有88篇（文章后面使用表格列出），现选择其中20篇代表性文章进行导读，详情如下：

1

英文题目：Single-CellProfilingofEbolaVirusDiseaseInVivoRevealsViralandHostDynamics

中文题目：体内埃博拉病毒的单细胞分析揭示了病毒和宿主的动态变化

发表时间：-11-06

发表杂志：Cell

影响因子：38.

DOI：10./j.cell..10.

摘要：埃博拉病毒(EBOV)引起高死亡率的流行病，但由于在高遏制和暴发环境中的实验挑战，仍未得到充分研究。在这里，我们使用单细胞转录组学和基于CyTOF的单细胞蛋白质定量来表征恒河猴EBOV感染时外周免疫细胞的变化。我们获得了，个转录组和15，，个蛋白质谱，发现抗原呈递能力降低的未成熟增殖单核细胞谱系细胞替代了正常单核细胞亚群，而淋巴细胞的凋亡基因上调并且细胞数量减少。通过量化细胞内病毒RNA，我们确定了循环免疫细胞间趋向性的分子决定因素，并研究了病毒和宿主基因表达的时间动态。在受感染的细胞中，EBOV下调STAT1的mRNA和干扰素信号传导，并上调可能的前病毒基因（例如DYNLL1和HSPA5），从而开启病毒操纵的复制途径。这项研究揭示了EBOV的趋向性、复制动力学和引发的免疫反应，并为表征宿主-病毒在最大遏制条件下的相互作用提供了框架。

2

英文题目：Amolecularcellatlasofthehumanlungfromsingle-cellRNAsequencing

中文题目：人肺单细胞RNA测序的分子细胞图谱

发表时间：-11-18

发表杂志：Nature

影响因子：42.

DOI:10./s---4

摘要：虽然单细胞RNA测序研究已经开始提供细胞表达谱的概要，但很难系统地识别和定位单个器官中的所有分子细胞类型，以创建完整的分子细胞图谱。在这里，我们使用基于液滴和基础板的单细胞RNA测序，对所有肺组织隔室和循环血液中的大约75,个人类细胞进行测序，结合多管齐下的细胞注释方法，我们创建了一份详尽的人类肺部细胞图谱。我们定义了人类肺中58个细胞群体的基因表达谱和解剖位置，包括45种已知细胞类型中的41种和14种以前未知的细胞类型。这份全面的分子图谱确定了肺细胞的生化功能以及制造和监测它们的转录因子和标记；确定了循环激素的细胞靶标，预测了局部信号相互作用和免疫细胞归位；并确定了直接受肺部疾病基因和呼吸道病毒影响的细胞类型。通过比较人类和小鼠的数据，我们确定了17种在肺进化过程中获得或丢失以及其他表达谱发生显著变化的分子细胞类型，揭示了器官进化过程中包括细胞类型之间表达切换的细胞类型和细胞类型特异性基因表达的广泛可塑性。这份图谱为研究如何在发育和组织工程中实现肺细胞的特性、功能和相互作用，以及在疾病和进化中如何发生改变提供了分子基础。

3

英文题目：Phenotypicvariationoftranscriptomiccelltypesinmousemotorcortex

中文题目：小鼠运动皮质转录细胞类型的表型变异

发表时间：-11-12

发表杂志：Nature

影响因子：42.

DOI:10./s---3

摘要：皮质神经元在基因表达以及形态和电生理特性方面表现出极大的差异。大多数现有的神经分类学基于转录组或形态-电标准，因为在同一组细胞中研究神经元多样性的两个方面一直是一项技术挑战。在这里，我们使用Patch-seq结合膜片钳记录、生物胞素染色和成年小鼠初级运动皮质多个神经元的单细胞RNA测序，提供了几乎所有转录定义的神经细胞类型的形态电学注释。我们发现，尽管转录组类型的大家族（表达Vip、Pvalb、Sst等）具有不同且本质上不重叠的形态电表型，但同一家族中的单个转录组在形态-电空间中没有很好的分离。相反，在形态学和电生理学上有一个连续的变化，相邻的转录组细胞类型显示出相似的形态-电特征，它们之间往往没有明确的界限。我们的结果表明，新皮质的神经元类型并不总是形成分立的实体。相反，神经元在家族水平上形成了一个由不同的非重叠分支组成的层次结构，但可以在家族内部形成连续的、相关的转录组和形态电学景观。

4

英文题目：MappingDevelopmentoftheHumanIntestinalNicheatSingle-CellResolution

中文题目：以单细胞分辨率绘制人类肠道生态位的发展

发表时间：-11-25

发表杂志：CellStemCell

影响因子：20.

DOI：10./j.stem..11.

摘要：人类肠道干细胞生态位支持自我更新和上皮功能，但对其发育情况知之甚少。我们使用单细胞mRNA测序和原位验证的方法来研究人类受孕后7-21周的肠道发育，为构成生态位的细胞和因子分配分子特性和空间位置。靠近增殖隐窝的粘膜肌层的平滑肌细胞是WNT和RSPONDIN配体的来源，而EGF在绒毛上皮中远离隐窝表达。相反，PDGFRAHI/F3HI/DLL1HI间充质群体排列在隐窝绒毛轴上，是表皮生长因子(EGF)家族成员NEUREGULIN1(NRG1)的来源。在发育的肠样培养物中，NRG1，而不是EGF，允许通过分泌谱系的分化来增加细胞多样性。这项工作突出了肠道EGF/ERBB信号的复杂性，并描绘了发育中的肠道的关键生态位细胞和信号。

5

英文题目：SinglenucleusandinsituRNAsequencingrevealscelltopographiesinthehumanpancreas

中文题目：单核和原位RNA测序揭示了人胰腺细胞的拓扑结构

发表时间：-11-16

发表杂志：Gastroenterology

影响因子：17.

DOI：10./j.gastro..11.

摘要：

背景和目的：人胰腺外分泌细胞异质性的分子证据尚未建立，这是因为胰腺切除后水解酶的局部浓度和级联能迅速降解细胞和RNA。我们试图利用单细胞测序方法更好地了解健康和疾病条件下新生儿和成人胰腺的异质性和细胞组成。

方法：我们创新了单核RNA测序方案，从成人和新生儿捐赠者的胰腺中提取了超过12万个细胞。我们使用RNA-FISH、原位测序和计算方法验证了单核的发现。

结果：我们创建了第一个全面的人类胰腺细胞图谱，包括上皮和非上皮细胞成分，并发现了三种不同的腺泡细胞类型，可能与胰腺的稳态和炎症过程有关。与新生儿SNUC-SEQ数据的比较显示，内分泌组织的细胞组成不同，突出了发育过程中发生的组织动力学。通过应用空间地图学，包括通过原位测序绘制细胞接近图，我们发现了特定细胞类型邻域的证据，内分泌和外分泌胰腺的动态拓扑图，以及器官的形态组织原理。此外，在慢性胰腺炎活检组织中的类似分析揭示了acinar-REG+细胞的存在，巨噬细胞和激活的星状细胞之间的相互联系，以及簇状细胞在这种疾病中的新的潜在作用。

结论：我们的人类胰腺细胞图谱可以用来了解胰腺细胞生物学，并为与病变组织样本进行比较以绘制胰腺疾病的细胞基础图谱提供了重要的参考集。

6

英文题目：ChromatinPotentialIdentifiedbySharedSingle-CellProfilingofRNAandChromatin

中文题目：通过共享单细胞RNA和染色质开放区域来鉴定染色质潜力

发表时间：-11-12

发表杂志：Cell

影响因子：38.

DOI：10./j.cell..09.

摘要：细胞分化和功能在基因调控的多个层面上受到调控，包括通过染色质可及性的变化来调控基因表达。然而，分化是一个异步过程，排除了对导致细胞命运承诺的调节事件的时间理解。在这里，我们开发了同时高通量ATAC和RNA表达测序(SHARE-seq)，这是一种高度可扩展的方法，用于测量同一单细胞中的染色质可及性和基因表达，适用于不同组织。利用来自小鼠皮肤的34，个关节剖面，我们开发了一种计算策略来识别顺式调节相互作用，并定义与超增强子显著重叠的调节染色质结构域(DORCs)。在谱系承诺过程中，基因表达前的染色质可及性，表明染色质可及性的变化可能为细胞的谱系承诺做准备。我们通过计算推断染色质潜力作为染色质谱系启动的定量测量，并使用它来预测细胞命运结果。SHARE-seq是一个可扩展的平台，用于研究组织中不同细胞的调节回路。

7

英文题目：Decodingmyofibroblastoriginsinhumankidneyfibrosis

中文题目：人肾纤维化中肌成纤维细胞起源的解析

发表时间：-11-11

发表杂志：Nature

影响因子：42.

DOI：10./s---1

摘要：肾脏纤维化是慢性肾脏疾病进展的标志，然而，目前还没有抗纤维化的治疗方法。这很大程度上是因为对人类肾纤维化过程中瘢痕形成细胞的起源、功能异质性和调节仍知之甚少。这里，使用单细胞RNA-seq，我们分析了健康和纤维化的人肾脏中近端肾小管和非近端肾小管细胞的转录组，从而以无偏倚方式绘制了整个人体肾脏的图谱。这使得能够以高分辨率绘制所有产生基质的细胞，揭示周细胞和成纤维细胞的不同亚群是人肾纤维化过程中瘢痕形成肌成纤维细胞的主要细胞来源。我们在小鼠中使用了遗传谱系追踪、时序性单细胞RNA-seq和ATAC-seq实验以及人类肾脏纤维化中的空间转录组学来功能性地研究这些发现，为人类肾脏成肌纤维细胞以及它们的成纤维细胞和周细胞前体的起源、异质性和分化提供了新的思路。最后，我们使用这种策略来促进靶点发现，将Nkd2确定为人类肾纤维化的肌成纤维细胞特异性靶点。

8

英文题目：LiverImmuneProfilingRevealsPathogenesisandTherapeuticsforBiliaryAtresia

中文题目：肝免疫分析揭示胆道闭锁的发病机理和治疗方法

发表时间:-11-26

发表杂志：Cell

影响因子：38.

DOI：10./j.cell..10.

摘要：胆道闭锁（BA）是一种严重的胆管疾病，可导致婴儿肝衰竭，但其发病机理仍有待充分表征。通过单细胞RNA谱分析，我们观察到BA患儿的巨噬细胞轻度炎症，Kupffer细胞清除剂功能缺陷，细胞毒性T细胞扩增以及CX3CR1+效应T细胞和自然杀伤（NK）细胞缺乏。更重要的是，我们发现婴儿出生后肝B淋巴细胞的减少并没有停止，而且耐受缺陷导致免疫球蛋白G（IgG）-自身抗体在BA中积累。在恒河猴轮状病毒诱导的BA模型中，消耗B细胞或阻断抗原呈递可减轻肝损伤。在一项初步的临床研究中，我们证明了利妥昔单抗可有效清除肝B细胞并将巨噬细胞，Kupffer细胞和T细胞的功能恢复到与对照组相当的水平。总而言之，我们对BA患儿的全面免疫分析表明，修饰B细胞的疗法可以缓解肝脏病理。

9

英文题目：CNS-NativeMyeloidCellsDriveImmuneSuppressionintheBrainMetastaticNichethroughCxcl10

中文题目：中枢神经系统原生髓细胞通过Cxcl10驱动脑转移灶中的免疫抑制

发表时间:-10-27

发表杂志:Cell

影响因子:38.

DOI:10./j.cell..09.

摘要:脑转移瘤（br-met）在免疫学上独特的br-met生态位发展。中枢神经系统原生髓细胞（CNS-myeloids）和骨髓源骨髓细胞(BMDMs）共同调节脑部免疫力。这些髓系亚群在形成脑转移生态位调控脑转移生长的表型异质性和特异性作用尚未充分揭示。应用多模式单细胞分析，我们阐明了br-met增生过程中的异质性但空间明确的CNS-myeloids反应。我们发现Ccr2阳性骨髓源骨髓细胞对br-met的影响最小，而中枢神经系统原生髓细胞促进br-met的生长。此外，br-met相关的中枢神经系统原生髓细胞表现为Cx3cr1的下调。中枢神经系统髓质中Cx3cr1基因敲除增加了br-met发生率，导致干扰素反应信号富集和Cxcl10上调。显著地，Cxcl10的中和减少了br-met，而rCxcl10则增加了br-met，并将VISTAHiPD-L1+的免疫抑制性CNS-myeloids募集到脑转移病变中。抑制VISTA-和PD-L1信号可减轻免疫抑制作用，并减少br-met负担。我们的研究结果表明，CNS-myeloids中Cx3cr1的缺失会触发Cxcl10介导的恶性循环，从而培养促进br-met的免疫抑制性生态位。

10

英文题目：Decipheringcell-cellinteractionsand

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